Puedes usar ambos pero entrarán en conflicto. Están escritos en el mismo lugar, por lo que si instala algo de apt y luego instala una versión posterior de cpan, podría arreglar las cosas.
No hago mucho Perl, pero en Python ciertamente tengo el dilema del que estás hablando: apt-vs-PyPI. Yo personalmente opto por apt siempre que puedo. Significa que debería recibir actualizaciones sin tener que recordar mantener cada paquete individual de Python. No solo eso, sino que significa que todos mis sistemas deberían ejecutarse en la misma versión de esos paquetes.
No siempre funciona. A veces no tienes suficientes cosas nuevas en los repositorios o algo que necesitas simplemente no está empaquetado. De ninguna manera es perfecto, pero creo que es más perfecto. Solo ten en cuenta lo que estás haciendo y deberías estar bien.
Editar : casi lo olvido, hay una mejor manera de dividir las cosas para que el sistema pueda tener su propio entorno y lo que sea que esté desarrollando puede vivir en su propio entorno (que administra completamente con CPAN), como Python virtualenv
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/programming/1423879/how-can-i-install-specialized-environments-for-different-perl-applications
cpan
terminan los módulos instalados está determinada por PERLConfig.pm
. En mi Ubuntu 11.04, lo es/usr/local/share/perl/5.10.1
.