Tuve un problema similar, pero con la versión 2.4.8, encontré esta solución:
"Entonces, para encontrar todas las bibliotecas de OpenCV
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$> sudo find / -name "*opencv*" -exec rm -i {} \;
El comando anterior encontrará cualquier archivo que contenga opencv en el nombre y le pedirá que lo elimine. ¡Como siempre, tenga cuidado al eliminar cosas manualmente! Eso llevará mucho tiempo. A continuación, descubro que desde que instalé compilando opencv desde la fuente y utilicé
make install
para crear el manifiesto de instalación, y luego soy bastante simple de usar
make uninstall
Sí, de hecho, seguro que se limpia solo. Ahora tengo un sistema limpio para instalar los lates opencv versión ".
Funciona para mi.