Hoy tuve el mismo problema, cuando moví las carpetas de los usuarios de 'Inicio' a una partición diferente. Lo resolví, no cambiando los permisos en el archivo '.ICEauthority' (de hecho, lo eliminé), sino cambiando los propietarios de esas carpetas a sus usuarios, de forma recursiva:
sudo su
chown -R user /home/user
Para hacer eso, en la ventana de inicio de sesión, ALT + CTRL + F1 cambia a una consola. Después de eso, ALT + CTRL + F7 vuelve al modo GUI. No es necesario reiniciar.
PD: Tener 'inicio' en una partición separada, es una buena manera de evitar fallas del sistema y actualizar las versiones. Ver wiki . Lo usé para instalar Ubuntu 12.10 en una computadora portátil y solo para separar particiones en otra computadora portátil con 12.04LTS.