La respuesta de przemo, en mi opinión, golpea más de cerca los puntos prácticos. Aquí hay algunas consideraciones prácticas adicionales:
Los entornos empresariales suelen utilizar particiones separadas para arrendar /, / home, / opt, / var, / boot y sistemas de archivos adicionales (1 por aplicación o equipo de aplicaciones) en / opt. Esto es principalmente para evitar que el sistema se quede sin espacio debido a que el directorio de inicio de alguien se vuelve masivo (/ home), los registros se salen de control (/ var) o las aplicaciones consumen toneladas de espacio (/ opt, / opt //, etc.) , y / boot para que las otras particiones se puedan construir en LVM y también para garantizar que pueda obtener algo de un shell de recuperación en caso de que la partición del sistema principal se dañe por alguna razón.
Para mis propios usos personales que no son del servidor, simplemente mantengo particiones /, / boot y / home separadas para poder arrancar dos sistemas operativos Linux / UNIX y usar la misma partición / home para ellos.
En el caso de construir una VM en Oracle Virtualbox, VMWare Player / Workstation / Fusion, etc. para uso personal, realmente no hay ninguna razón práctica para tener múltiples particiones con diferentes puntos de montaje debido a las buenas capacidades para compartir carpetas proporcionadas por al menos VirtualBox y VMWare Player / Workstation / Fusion. La única excepción podría ser / boot por el motivo del shell de recuperación que figura en mi párrafo "entorno empresarial".