En 12.04, debería poder alternar ese comportamiento a través de la entrada de la base de datos gconf para nm-applet, utilizando el comando gconftool (o gconftool-2)
gconftool --set /apps/nm-applet/disable-disconnected-notifications --type bool true
Es probable que también desee deshabilitar la notificación conectada correspondiente
gconftool --set /apps/nm-applet/disable-connected-notifications --type bool true
Puede verificar la configuración actual usando
gconftool -a /apps/nm-applet
Para aquellos que buscan una respuesta para versiones posteriores de Ubuntu, @Jos ha confirmado que en 14.04 la configuración se ha migrado a la dconfbase de datos principal en /org/gnome/nm-applety se puede alternar usando la dconf-editorherramienta GUI . La modificación a través de la CLI debería ser posible utilizando gsettings.