La desinstalación de software es conceptualmente similar tanto en Windows como en Ubuntu: los archivos pueden eliminarse y la configuración puede eliminarse. Si el proceso de desinstalación elimina o no todos los archivos o configuraciones, depende del software que esté desinstalando, no del sistema operativo.
El software (tanto en Windows como en Ubuntu) puede dejar residuos por muchas razones que van desde la simple pereza del creador del software, hasta mantener la configuración del usuario para posibles reinstalaciones, hasta dejar conscientemente los archivos creados por el software (un ejemplo sería un software de procesamiento de texto: usuarios sería una locura si todos los documentos creados con él se eliminaran tras la desinstalación)
En general, dejar archivos y configuraciones de configuración está un poco más mal visto en el mundo de Linux que en el mundo de Windows, pero en la mayoría de los casos, los archivos o claves de registro que quedan solo deben ser utilizados por el programa en cuestión. Por lo tanto, aparte de consumir espacio en su disco duro, no deberían afectar el rendimiento y la estabilidad del sistema. Esto es cierto tanto para Windows como para Ubuntu.
Sin embargo, los programas que realizan modificaciones en el sistema, como controladores, daemons, herramientas del sistema, etc., pero en realidad cualquier software que le solicitó acceso a la raíz (elevación en Windows) durante el proceso de instalación, no tiene obligaciones técnicas para eliminar todo después de las desinstalaciones, y puede dejar residuos que pueden comprometer el rendimiento, la estabilidad y la seguridad del sistema. Una vez más, esto es cierto tanto para Windows como para Ubuntu.
Si debe garantizar que las desinstalaciones no afectarán negativamente a su sistema, asegúrese de instalar solo software que no requiera acceso a la raíz (elevación en Windows). Si va a instalar un software que requiere acceso de root (elevación en Windows), entonces todas las garantías están desactivadas, por lo que le recomendaría que se adhiera a los editores de software en los que confía, y espere lo mejor.
Tenga en cuenta que cuando menciono Windows, estoy hablando de Windows Vista y superior, que se ejecutan en cuentas de usuario restringidas de forma predeterminada.