Tuve el mismo problema, pero, sin embargo, en mi caso, ajustar la configuración de compiz no ayudó mucho .
También tenía instalados los controladores ATI. Luego me di cuenta de que ATI acababa de lanzar nuevos , que se dice que tienen un mejor soporte para las últimas X y Unity . Sin embargo, ATI los lanzó demasiado tarde y no pudieron ingresar a los repositorios de Ubuntu .
Lo que le recomiendo es que desinstale el controlador ATI (fglrx) Ubuntu instalado para usted y obtenga el más nuevo del sitio de ATI : http://support.amd.com/us/gpudownload/Pages/index.aspx
En mi caso, esto proporcionó una increíble mejora del rendimiento general. ¡Espero que también te ayude!