Puedes hacerlo con ffmpeg e imagemagic. Instálelos si no están instalados en su PC.
Siga estos pasos en su terminal:
1. Cree un directorio para probar esta solución, es mejor que haga una copia duplicada de los videos antes de probar esto.
mkdir temp
2. Copie todas sus imágenes a ese directorio temp
que ha creado.
cp *.JPG temp/.
3. Establezca la resolución de sus imágenes.
mogrify -resize 800x800 temp/*.JPG
4. Conviértalos para que se transformen en transiciones suaves y conviértalos en un video mp4.
convert temp/*.JPG -delay 10 -morph 10 temp/%05d.jpg
ffmpeg -r 25 -qscale 2 -i temp/%05d.jpg output.mp4
ffmpeg no está en los repositorios de Ubuntu 14.04, ¡pero está en 15.04!
fuente: http://www.itforeveryone.co.uk/image-to-video.html