En Ubuntu 12.04 o 14.04 con Unity, lo siguiente puede romper su configuración de Apt.
En el sistema -> preferencias -> proxy de red, habilite la configuración automática de proxy> e ingrese la URL del PAC.
A continuación, presione aplicar todo el sistema, y eso debería hacer el truco.
El problema es que Apt no tiene el concepto de "no_proxy" y, por lo tanto, intenta enviar todo el tráfico a este proxy. Hay un par de formas de evitar esto, una es crear un archivo de anulación específico para Apt diciéndole que use / ignore un proxy. Tomado de /superuser/323488/ubuntu-system-wide-proxy-auto-configuration-pac-script
Acquire {
Retries "0";
HTTP {
Proxy "";
};
};
El otro es después de hacer clic en Aplicar en la página Proxy de red, vaya a editar el archivo /etc/apt/apt.conf como root sudo gedit /etc/apt/apt.conf
y elimine cualquier mención de proxy en este archivo.