Debe usar comillas simples '
o comillas dobles "
alrededor de la URL en este caso (y en general):
wget 'http://www.flareget.com/files/flareget/debs/amd64/flareget_2.3-24_amd64(stable)_deb.tar.gz'
A partir de ahora, debe usar este método en general cuando use una cadena que contenga paréntesis como argumento en un comando. Esto se debe a que el shell utiliza paréntesis para agruparlos de modo que no se comuniquen de ninguna manera a un comando. Entonces, el shell bash te dará un error de sintaxis:
$ echo some (parentheses)
bash: syntax error near unexpected token `('
$ echo 'some (parentheses)'
some (parentheses)
mypass="'HWNevtQW9o2s)f'"
unzip -P $mypass myfile