Yo, necesito comprimir un directorio excluyendo algún subdirectorio y archivo; Usé esto:
zip -r zipfile.zip . -x ".*" -x "app/bower_components" -x "node_modules" -x "*.zip" -x "node_modules"
sin ningún éxito; node_modules
es una carpeta en la principal mientras bower_components
está dentro de la aplicación de carpeta