He tenido problemas similares con muchas aplicaciones, como juegos de vino, etc., donde la aplicación no puede detectar la resolución por pantalla y, en cambio, detecta la resolución total en una sola pantalla.
La solución permanente que encontré fue ejecutar nvidia-settings, deshabilitar xinerama y configurar "Seperate X Screen". Ahora tengo dos pantallas separadas, la PANTALLA habitual =: 0 y: 0.1. Dado que las aplicaciones X en ambas pantallas ahora se ejecutan en sus propias sesiones separadas, con su propio escritorio, etc., todas las aplicaciones detectan la resolución para cada monitor perfectamente, y cambiar la resolución en una pantalla no afecta a otra.
El único inconveniente es que no puedo arrastrar ventanas de una pantalla a otra y necesito iniciar aplicaciones en diferentes pantallas según sea necesario. Sin embargo, esto funciona perfectamente para mí, ya que mantengo el navegador en una pantalla y los niños pueden jugar su emulador o ver TV / películas en el otro monitor sin afectar mi trabajo.