Actualmente no hay forma de hacerlo. Actualmente, solo las aplicaciones nativas de Gtk son compatibles con las barras de desplazamiento de superposición, más adelante eventualmente se brindará soporte adicional.
Según ese enlace, Gwibber es compatible. Pero Gwibber tiene barras de desplazamiento superpuestas solo en el selector de cuenta (borde izquierdo) y no en twitts. ubuntuone.com/p/r9L
gnome-terminal
¿no es una aplicación nativa de GTK?