No sé sobre el tiempo de instalación, pero cuando se crean nuevos usuarios, los archivos /etc/skelse copian en el nuevo directorio de inicio. Puedes agregar un archivo
/etc/skel/.gconf/apps/metacity/general/%gconf.xml
con los contenidos
<?xml version="1.0"?>
<gconf>
<entry name="button_layout" mtime="1273173410" type="string">
<stringvalue>:minimize,maximize,close</stringvalue>
</entry>
</gconf>
a /etc/skel.
O podría crear la configuración de usuario perfecta (vamos a nombrarlo perfectuser) en una cuenta nueva y reemplazar
SKEL=/etc/skel
con
SKEL=/home/perfectuser
en /etc/adduser.conf.
De esa manera, cada nuevo usuario que cree tendrá la misma configuración que perfectuser.
¿Quizás el CD de instalación también podría modificarse de manera similar?
Para cambiar la configuración para todos los usuarios, puede escribir un script que agregue
<entry name="button_layout" mtime="1273173410" type="string">
<stringvalue>:minimize,maximize,close</stringvalue>
</entry>
a todos /home/[user]/apps/metacity/general/%gconf.xml.