En resumen, sí, son seguros, debido a la criptografía de clave pública utilizada para firmar los archivos.
Todos los archivos descargados por APT tienen una firma que permite verificar el archivo descargado con las claves públicas almacenadas en su computadora como firmadas por Ubuntu y solo Ubuntu. Esto verifica que el archivo que recibe fue autorizado por Ubuntu en algún momento y no se ha modificado ni manipulado desde entonces.
Una explicación técnica de cómo funciona esto está disponible en Ubuntu (y en Debian, que usa el mismo sistema).
Debido al uso de HTTP en lugar de HTTPS, sí, los espías pueden ver qué archivos está descargando, pero es probable que la privacidad no sea su preocupación en este caso. Un intento de hombre en el medio para modificar los paquetes para inyectar código dañino aún fallaría porque rompería el mecanismo de firma.
Un posible problema en este mecanismo de firma es que no garantiza que esté obteniendo la versión más actualizada del paquete (de hecho, a veces los espejos tardan en actualizarse). Para ayudar a mitigar este problema, el archivo de lanzamiento firmado incluye una fecha "Válido hasta" después de la cual todos los archivos a los que hace referencia deben considerarse obsoletos. Sería plausible que un intermediario sustituya un archivo con una versión anterior no modificada del archivo dentro de esta fecha Válido hasta y haga que su APT crea que no hay actualizaciones. Pero no pueden hacer modificaciones arbitrarias a los paquetes ni pueden retroceder en el tiempo más allá de cierto punto.
Los mecanismos de firma proporcionan una seguridad mucho mejor que HTTPS en este tipo de entorno distribuido donde los archivos se reflejan en muchos servidores no controlados por Ubuntu. En esencia, solo necesita confiar en Ubuntu, no en el espejo, por lo que debe probar que los archivos provienen originalmente de Ubuntu y no se han modificado desde entonces; no es necesario verificar la identidad del espejo.
Tenga en cuenta que cuando agrega un repositorio no oficial a su lista de fuentes, como un PPA, recibirá archivos que no están firmados por Ubuntu. APT debería advertirle sobre esto, ya que no han sido firmados por un certificado que coincida con ninguna de las claves públicas instaladas en su computadora según lo autorizado por Ubuntu.