Respuestas:
Desde la apt-get
página del manual:
clean : clean limpia el repositorio local de archivos de paquetes recuperados. Elimina todo menos el archivo de bloqueo de / var / cache / apt / archives / y / var / cache / apt / archives / partial /. Cuando APT se utiliza como método dselect (1), la limpieza se ejecuta automáticamente. Aquellos que no usan dselect probablemente deseen ejecutar apt-get clean de vez en cuando para liberar espacio en disco.
autoclean : al igual que clean, autoclean borra el repositorio local de los archivos de paquetes recuperados. La diferencia es que solo elimina los archivos de paquete que ya no se pueden descargar y que son en gran medida inútiles. Esto permite mantener un caché durante un largo período sin que se salga de control. La opción de configuración APT :: Clean-Installed evitará que los paquetes instalados se borren si está desactivado.
autoremove : se usa para eliminar paquetes que se instalaron automáticamente para satisfacer las dependencias de algunos paquetes y que ya no son necesarios.
Cada comando tiene una página de manual, si desea saber cuáles son sus parámetros o qué hace cada uno de ellos, simplemente escriba el shell man <command>
Ex.man apt-get
autoclean: elimina todos los archivos almacenados en su caché para los paquetes que ya no se pueden descargar (por lo tanto, los paquetes que ya no están en el repositorio o que tienen una versión más nueva en el repositorio).
limpio: elimina todos los archivos almacenados en su caché.
autoremove: una cosa completamente diferente, esta opción hace que sea apto para buscar paquetes que están instalados como dependencia de un paquete ya desinstalado y los elimina. Esto se utiliza para limpiar las dependencias no utilizadas que permanecen en su sistema.
Respuesta encontrada: http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=394952