La nueva combinación de teclas que defina en 'Configuración -> Teclado -> Accesos directos -> Navegación' se agregará a la anterior / predeterminada.
Se convertirá, por ejemplo.
gsettings get org.gnome.desktop.wm.keybindings switch-to-workspace-down
['<Primary><Shift>Down', '<Control><Alt>Down']
Logré eliminar la combinación de teclas predeterminada usando los siguientes comandos
gsettings set org.gnome.desktop.wm.keybindings switch-to-workspace-down "['']"
gsettings set org.gnome.desktop.wm.keybindings switch-to-workspace-up "['']"
Esto borra todos los accesos directos definidos para esas tareas. Y luego use 'Configuración -> Teclado -> Accesos directos -> Navegación' para definir los accesos directos deseados.
Fuente: https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=982695