No creo que puedas hacer esto. Lo que está preguntando es inconsistente con la forma en que los espacios de trabajo y las pantallas están diseñados en Ubuntu.
Trataré de explicar por qué. El espacio de trabajo actual es, como su propio nombre lo dice, el espacio donde usted está actualmente. Ahora, cuando conecta otra pantalla en la máquina, el espacio de trabajo actual (y todos los demás) se expandirá en la nueva pantalla. Cuando cambia el espacio de trabajo en la primera pantalla, su expansión también cambiará en la segunda pantalla y viceversa. Entonces, la pantalla es algo así como un 'hijo' del espacio de trabajo. En la siguiente imagen puedes ver cómo se ve:
Lo que pretendes hacer es algo como:
Como puede ver, esto no se ve bien.
Por supuesto, siempre que tenga pantallas Mirror no seleccionadas en System Settyngs > Hardware > Displays (como en la siguiente imagen), puede ver algunos programas en una pantalla y otros programas en otra pantalla. También puede arrastrar y soltar ventanas de una pantalla a otra.
También puede ver este video para comprender mejor: http://www.youtube.com/watch?v=Vl9P9a2L7Q4 .