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Tengo el mismo problema. Aparentemente es un problema con el nivel de "sugerencia" de la fuente, que IntelliJ fuerza a "lleno" sin importar lo que seleccione el sistema operativo. Esto hace que las fuentes se vean irregulares y delgadas en lugar de como deberían. Vi una solución alternativa en un sitio web, pero no funcionó para mí.
En general, todo el software Java tiene una pobre representación de fuentes en Linux. Verá esto también en Windows, las fuentes se ven diferentes. No es un problema de IntelliJ IDEA, sino de Java.
Hola, escribí un pequeño manual de cómo solucionar esto
sudo add-apt-repository ppa:no1wantdthisname/openjdk-fontfix
sudo apt-get update
sudo apt-get install openjdk-7-jdk
Script para iniciar Intellij Idea
solo tenga en cuenta que necesita cambiar la ubicación IDEA_HOME para su ruta de idea
#!/bin/sh
IDEA_HOME=/opt/idea
export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-amd64
export _JAVA_OPTIONS="-Dawt.useSystemAAFontSettings=lcd \
-Dsun.java2d.xrender=true"
export GNOME_DESKTOP_SESSION_ID=this-is-deprecated
exec $IDEA_HOME/bin/idea.sh "$@"
Más información y capturas de pantalla de mejores fuentes: http://urshulyak.com/?p=478