He buscado esta pregunta y aún no he recibido una respuesta razonable. Si sincronizo una carpeta, ¿sincronizará un enlace simbólico? ¿Se procesará todo el camino a través del enlace a todos los archivos dentro de ese enlace simbólico?

De las preguntas frecuentes de Ubuntu One :

¿Ubuntu One admite enlaces simbólicos o enlaces duros?

No, Ubuntu One no admite actualmente enlaces simbólicos o enlaces duros. Si está ejecutando Ubuntu 10.04 LTS o superior, puede sincronizar carpetas dentro de su directorio de inicio haciendo clic derecho sobre ellas y seleccionando "Sincronizar en Ubuntu One".

Solución alternativa: puede crear el enlace duro en una carpeta diferente; luego mueva este enlace duro recién creado a su carpeta Ubuntu One. Intenté esto en una terminal y funcionó, así que supongo que también puedes escribir un script y usarlo como un script nautilus.