Respuestas:
sudo apt-get clean
hará lo que quiera, aunque parece extraño que se congele en función de la cantidad de paquetes en el caché.
Si bien podría usar el terminal para realizar esto, preferiría la GUI.
En Synaptic , vaya a Configuración → Preferencias → pestaña Archivo . Elija solo eliminar paquetes que ya no están disponibles y listo.
También puedes usar Ubuntu Tweak, pero lleva mucho más tiempo hacer el trabajo.
Una actualización: he estado usando BleachBit durante algún tiempo y la versión Superuser permite eliminar apt-cache y mucho más.