La respuesta anterior me funciona en 12.04LTS Unity 3D. Me pregunto si no te funciona, ¿estás utilizando Unity 2D? Si es así, es posible que no pueda cambiar la configuración con CCSM.
En cualquier caso, consulte aquí para obtener varias soluciones alternativas (la pregunta es para 11.10 pero muchas de ellas aún funcionan en 12.04):
¿Cómo desactivo las combinaciones de teclas F1 y F10 en gnome-terminal?
Si CCSM no funciona para usted, puede probar la solución gconf-editor (o alternativamente dconf)
Comentario: es realmente una pena que esta combinación de teclas en particular no se pueda cambiar simplemente a través de la interfaz de configuración del sistema, como la mayoría de los demás. No he oído que esto haya cambiado en 12.10, pero espero que sea en el futuro. Demasiados programas utilizan la combinación de teclas Alt para que el sistema operativo dificulte el cambio. (Y estoy bastante seguro de que Emacs mapeó el teclado en primer lugar, Ubuntu).