Aquí está mi solución:
Cómo volver a habilitar la lista blanca de la bandeja del sistema en Ubuntu 13.04 (Raring Ringtail)
Si usa dicha aplicación y desea que la lista blanca de la bandeja del sistema vuelva a Ubuntu 13.04, puede usar un PPA que viene con Unity parcheado para volver a habilitar la lista blanca de la bandeja del sistema. Para hacer esto, abra una terminal y ejecute los siguientes comandos:
sudo add-apt-repository ppa:timekiller/unity-systrayfix
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
Luego, reinicie Unity presionando ALT + F2
e ingresando " unity
" o cerrando sesión. Luego abra Dconf Editor , navegue hasta el panel com> canonical> unity> y la " lista blanca de la bandeja del sistema " debería aparecer allí para que pueda habilitar algunas aplicaciones para poder usar la bandeja del sistema.
Después de agregar una aplicación a la lista blanca de la bandeja del sistema, recuerde reiniciar Unity o de lo contrario no funcionará.
fuente: http://www.webupd8.org/2013/05/how-to-get-systray-whitelist-back-in.html