Usa el ssh-keygencomando. En el servidor (donde desea que ssh) almacene la clave pública en el archivo ~/.ssh/authorized_keys. Si aún no tiene un directorio .ssh dentro de su hogar (~), créelo (también tenga cuidado: parece que sshd es exigente, por razones de seguridad, que ningún otro usuario puede leer ese archivo / directorio, es mejor emitirlo). chmod 700 en su directorio .ssh y chmod 600 en el archivo que contiene).
En la máquina desde la que desea ssh ("cliente"), puede usar la clave privada para ssh a su servidor. Puede almacenarlo en cualquier lugar, luego puede usar el -iinterruptor de ssh, para dar la clave pública que se usará. Escribo esto, ya que declaró que "no se almacena en la ubicación predeterminada". La ubicación predeterminada sería file id_dsa(para la clave DSA) dentro de su directorio .ssh. Entonces no necesita el -iinterruptor para especificar su clave, ya que se seleccionará desde allí automáticamente.