Me gustaría responder sobre una de las causas que podrían conducir a esta compleja situación.
Tenía un sistema GPT con Ubuntu 14.04, sin Windows. No pude instalar Windows sin limpiar mi disco. Entonces, tomé la COPIA DE SEGURIDAD necesaria (siempre hazlo sin importar lo simple que estés haciendo) y limpié el disco usando el USB de arranque de Windows.
Ahora, el problema es que, incluso si esto se convierte automáticamente de GPT a MBR, de alguna manera, mantiene las firmas de GPT. Por lo tanto, cualquier herramienta para administrar el disco duro (como Gparted) se confunde al encontrar GPT y MBR. Por lo tanto, esto mostrará todo el espacio en disco sin asignar como si NO tuviera Windows. Pero, si revisa sus medios, mostrará las unidades montables, incluso, mostrará todos los datos que tiene su unidad.
La solución a esto es: hacer un USB de arranque con cualquier versión de Linux. Arranque en vivo y una vez que se inicie Linux, abra el terminal y use la utilidad gdisk para eliminar todas las entradas o firmas corruptas de GPT.