He tenido problemas extraños en los que el micrófono estaba silenciado y tuve que usar pavucontrol para activarlo. Puede instalar las utilidades adicionales de pulseaudio:
sudo apt-get install paman padevchooser paprefs pavucontrol pavumeter
Verifique la pestaña de entrada en pavucontrol y asegúrese de que no esté silenciando su micrófono. También puede jugar con la pestaña de configuración en caso de que esté mal, pero tenga en cuenta su configuración inicial primero.
Tenga en cuenta lo que dicen arochester y Joao, asegúrese de que pulseaudio esté seleccionado en las opciones de audio de skype.