Puede hacerlo utilizando at y ntpdate . Probablemente ya esté instalado, pero es posible que ntpdate no lo esté. (apt-get install ntpdate).
Primero cree un pequeño script que ejecute ntpdate, llamémoslo update_time.sh.
#!/bin/bash
ntpdate pool.ntp.org
En su archivo .bash_login (que puede necesitar crear) agregue esto:
at -f ~/update_time.sh now + 1 minute
Eso debería hacer lo que quieras. Se puede cambiar el retraso que en los usos sean 5 minutos, 10 minutos, etc.
EDITAR: Me acabo de dar cuenta de que necesitarás ser root para ejecutar ntpdate
. Deberá establecer el bit SUID en el script update_time.sh que mencioné. Puede hacerlo ejecutando esto desde el comando (solo necesita ejecutarse una vez):
sudo chmod 4711 update_time.sh
sudo chown root update_time.sh