Creo que Nautilus es muy lento, y me gustaría pasar a PCmanFM, pero no encontré ningún buen consejo sobre cómo hacerlo en Ubuntu 12.10.
Ya tengo PCmanFM instalado, e incluso cambié:
$ sudo gedit /usr/share/applications/nautilus-folder-handler.desktop
[Desktop Entry]
Name=Files
Comment=Access and organize files
Exec=pcmanfm %U
Icon=system-file-manager
Terminal=false
NoDisplay=true
Type=Application
StartupNotify=true
OnlyShowIn=GNOME;Unity;
Categories=GNOME;GTK;Utility;Core;
MimeType=inode/directory;application/x-gnome-saved-search;
X-GNOME-Bugzilla-Bugzilla=GNOME
X-GNOME-Bugzilla-Product=nautilus
X-GNOME-Bugzilla-Component=general
X-GNOME-Bugzilla-Version=3.2.1
X-Ubuntu-Gettext-Domain=nautilus
Todavía lento, Nautilus es el predeterminado.