Puede comparar dos archivos de texto de manera muy sencilla diff
e incluso mejor con meld:
Si usa diff para imágenes, obtendrá un ejemplo como este:
$ diff zivi-besch.tif zivildienst.tif
Binary files zivi-besch.tif and zivildienst.tif differ
Aquí hay un ejemplo:
Original de http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Tux.svg
Editado:
Agregué un fondo blanco a ambas imágenes y apliqué el filtro "Diferencia" de GIMP para obtener esto:
Es un método muy simple cómo podría funcionar un diff, pero me imagino unos mucho mejores (y más complicados).
¿Conoces un programa que funcione para imágenes como Meld hace para textos?
(Si existiera un programa que pudiera dar un porcentaje (0% de la misma imagen - 100% de la misma imagen) también me interesaría, pero estoy buscando uno que me dé pistas visuales sobre las diferencias).