Tengo un problema extraño con 12.04 LTS.
Independientemente de lo que le haga al ~/.config/user-dirs.dirs
archivo, cada vez que inicie sesión nuevamente la próxima vez, ese archivo se configurará solo en $ HOME. Algo está sucediendo durante el inicio de sesión con lightdm que anula el contenido de ese archivo.
Si inicio sesión y hago una, xdg-user-dirs-update --force
entonces el contenido del archivo está bien. Después de cerrar sesión, el archivo todavía está bien. Cuando vuelvo a iniciar sesión con lightdm, algo sale mal.
Es bastante molesto.