En primer lugar, no podrá simplemente copiar los archivos en el directorio .gconf, mientras su usuario está conectado, ya que la instancia en ejecución tendrá prioridad, y cambiar los archivos fuera del proceso no tendrá ningún efecto.
Y Shotwell usa dconf para almacenar su configuración ahora, por lo que es probable que deba exportarlos desde la única instalación y luego importarlos en la nueva instalación. No sé si Shotwell tiene alguna función de exportación / importación para realizar copias de seguridad y restaurar configuraciones, pero algunas aplicaciones sí.
Para exportar / importar de / a gconf mientras se está ejecutando, puede usar la gconftool
utilidad de línea de comandos con sus opciones --dump y --load. Desafortunadamente, parece que el gsettings
comando no tiene opciones similares.