Estoy viendo este comportamiento no deseado desde que Unity llegó a Ubuntu. El Lanzador de la Unidad "roba" al azar el punto final para minimizar las animaciones de Docky. En otras palabras, cuando hago clic en un icono en Docky para minimizar una ventana, esa ventana se minimiza en Unity en lugar de Docky. Eso sucede la mayor parte del tiempo en todas las ventanas, aunque a veces, también al azar, sucede que las ventanas se minimizan a Docky, pero muy raramente.
Así es como se ve cuando minimizo una ventana: así es como deberían verse ambas animaciones: