Esos son mensajes normales para recibir cuando se trata de paquetes, y en realidad están ahí para evitar que tenga que tomar ninguna medida. Sin esos desencadenantes, tendría que cerrar sesión / iniciar sesión o reiniciar para que aparezcan algunos cambios.
La razón por la que están allí es para dar a otras herramientas la oportunidad de actualizarse, por ejemplo, la lista de aplicaciones en el tablero de la unidad necesitaría actualizarse para no mostrar los elementos recién eliminados. Hay otros desencadenantes para páginas de manual (documentación), grub bootloader (nuevas versiones del kernel) y muchos otros.