¿Qué herramientas de bioinformática y biología computacional están disponibles?

Hoy, me pidieron que buscara versiones científicas de Ubuntu. En realidad, están buscando herramientas para realizar análisis de secuencia de ADN, verificación de proteínas, estimaciones y muchas tareas relacionadas con la biología.

Primero:

1. ¿Existe una versión científica y bio-orientada de Ubuntu?

2. ¿Existen herramientas para hacer análisis científicos como los puntos mencionados anteriormente?

Busqué en Google varios sistemas operativos y herramientas de investigación basados ​​en Debian, RHEL y Virtal Machine para biología computacional y bioinformática. Algunos notables se resumen a continuación:

Debian Med : un sistema operativo Debian que se ajusta particularmente bien a los requisitos para la práctica médica y la investigación biomédica.

DNALinux : es una máquina virtual con software bioinformático preinstalado.

Bioknoppix : es una distribución personalizada de Knoppix Linux Live CD. Viene con aplicaciones dirigidas al biólogo molecular. Además de usar algo de RAM, Bioknoppix no toca la computadora host (porque es un Live-CD), y es ideal para demostraciones, estudiantes de biología molecular, talleres, etc.

Vigyaan : ("Vigyaan" significa "Ciencia" en hindi. Pero este no es un yo también Scientific Linux). Vigyaan es un banco de trabajo electrónico para bioinformática, biología computacional y química computacional. Ha sido diseñado para satisfacer las necesidades de principiantes y expertos. VigyaanCD es un CD de Linux en vivo que contiene todo el software requerido para arrancar la computadora con software de modelado listo para usar. VigyaanCD v1.0 se basa en KNOPPIX v3.7.

VLinux : es un dispositivo y distribución de Linux para estudiantes e investigadores en bioinformática. Está basado en OpenSUSE y está construido utilizando Suse Studio de Novell.

BioSLAX : es un nuevo conjunto de herramientas de bioinformática de CD / DVD en vivo que ha sido lanzado por el equipo de recursos del Centro de Bioinformática (BIC), Universidad Nacional de Singapur (NUS). Arrancable desde cualquier PC, este CD / DVD ejecuta el sabor SLACKWARE comprimido del sistema operativo LINUX, también conocido como SLAX.

Bio-Linux 6.0 : es una estación de trabajo bioinformática completa, potente, configurable y fácil de mantener. Bio-Linux proporciona más de 500 programas de bioinformática en una base Ubuntu Linux 10.04. Hay un menú gráfico para programas de bioinformática, así como un fácil acceso al sistema de documentación de bioinformática Bio-Linux y datos de muestra útiles para probar programas. También puede instalar paquetes Bio-Linux para manejar nuevos tipos de datos de secuencia de generación.

Mi opinión como bioinformático es descargar y ejecutar cualquier versión de Linux que más le convenga. Casi todos son de descarga y uso gratuitos. En mi trabajo de investigación, uso Ubuntu y CentOS. Compartiré mi experiencia.

CentOS : si instala todas las bibliotecas durante la instalación, no encontrará muchos problemas más adelante. He usado el paquete Molecular Dynamics AMBER y Desmond en él. Funciona generalmente sin presentar muchos problemas.

Ubuntu: dado que no viene con muchas bibliotecas preinstaladas, debe saber dónde encontrar información sobre cómo ejecutar un software en él. Sin embargo, dado que Ubuntu es muy popular entre los investigadores , no encuentro ninguna razón por la que no deba probarlo. Si encuentra alguna dificultad para instalar o ejecutar un software, puede publicar preguntas en listas de correo específicas relacionadas con ese software en particular. En el centro de software de Ubuntu están disponibles programas como Pymol , AutoDock , Unipro UGENE, etc. Gromacs estaba disponible antes (no lo encontré en 12.04).

Le sugiero encarecidamente que se esfuerce una vez e instale todo su software útil en Ubuntu y luego use Remastersys para hacer copias de su sistema operativo para ponerlo en la mayor cantidad de escritorios y estaciones de trabajo que desee.

Personalmente, veo un inmenso alcance en tener un sistema operativo Linux especializado dirigido a la audiencia de investigación de biología y química.

Espero eso ayude.

Bio-Linux es una estación de trabajo de bioinformática en una base de Ubuntu.

Más allá de eso, hay una gran cantidad de programas / herramientas orientados a la biología para Ubuntu, enumerados y elaborados aquí .

No hay, hasta donde yo sé, una distribución especializada para este propósito.

(Existe una distribución llamada Scientific Linux , que se basa en RedHat / Centos, pero está desarrollada en gran medida por y se dirige a las necesidades de High Energy Physics (y no tiene ninguna capacidad general que no tenga Ubuntu en existencia).

Hay una categoría de biología (bajo ciencia / ingeniería) con una colección de paquetes, aunque la cantidad de aplicaciones científicas especializadas incluidas en ubuntu es relativamente pequeña (y espero que este sea también el caso para otras distribuciones que podría considerar). Science + Engineering / Biology enumera algunas, pero no parece estar actualizado.

Dicho esto, muchas herramientas científicas, aunque no están en los repositorios oficiales, proporcionan paquetes compatibles con ubuntu (.deb) que puede descargar (por ejemplo, libSBML ), o binarios genéricos de Linux (por ejemplo, Copasi ), o son de plataforma neutral (se escriben en Java, Python, etc.) y, por lo tanto, debería ejecutarse bastante bien en Ubuntu (por ejemplo, ImageJ ).

Utilizo Ubuntu para el trabajo de biología computacional, aunque esto implica principalmente trabajar con herramientas de propósito general (por ejemplo, R, python) en lugar de aplicaciones especializadas.

Veo que hay varios remixes de Ubuntu Science disponibles, pero todos parecen haber muerto. Esta parece ser la forma con muchos remixes de Ubuntu, porque muchas veces simplemente no ofrecen mucho además de instalar automáticamente algunas aplicaciones, por lo que no obtienen la masa crítica necesaria para que los desarrolladores las mantengan. .

Mi sugerencia sería usar una distribución sólida basada en la ciencia, como Scientific Linux , que es lo que Fermilab, CERN, etc. utiliza y desarrolla. apoyo de la comunidad científica. Desafortunadamente, se basa en Red Hat, por lo que puede no ajustarse perfectamente a sus necesidades.

Si necesita usar Ubuntu, hay varias aplicaciones científicas disponibles en los repositorios, simplemente inicie el Centro de software de Ubuntu y busque "Ciencia e ingeniería" -> Biología. No estoy seguro de la utilidad de estos programas, ya que está fuera de mi experiencia. Si fueran suficientes, podría configurar un script de bash rápido que los instalara a todos cuando configura una nueva máquina.