Sé que esta es una publicación antigua, pero como recientemente tuve un problema similar, me gustaría compartir mi solución con la esperanza de que alguien en el futuro la encuentre útil.
Si instaló un paquete a través de aptitude, automáticamente asigna indicadores a las dependencias (automático) y cuando intenta eliminar su paquete nuevamente, intenta eliminar todas sus dependencias que todavía tienen establecido el indicador automático.
Como puede ver en mi caso, es zabbix lo que quiero eliminar:
uman@mango:~$ sudo aptitude purge zabbix-server-mysql zabbix-frontend-php
The following packages will be REMOVED:
apache2{u} dbconfig-common{u} fping{u} javascript-common{u} libhtml-template-perl{u} libiksemel3{u} libjs-prototype{u}
libjs-scriptaculous{u} libopenipmi0{u} libt1-5{u} mysql-server{u} mysql-server-5.1{u} mysql-server-core-5.1{u} php5{u} php5-gd{u}
php5-mysql{u} snmpd{u} wwwconfig-common{u} zabbix-frontend-php{p} zabbix-server-mysql{p}
0 packages upgraded, 0 newly installed, 20 to remove and 0 not upgraded.
Need to get 0 B of archives. After unpacking 44.9 MB will be freed.
Do you want to continue? [Y/n/?]
Y si buscamos el paquete de Apache se ve así
uman@mango:~$ aptitude search ^apache2
i A apache2 - Apache HTTP Server metapackage
<snip>
la primera bandera "i" nos dice que apache está instalado
La siguiente bandera "A" significa instalación automática
Entonces, para solucionar esto y no tener desinstalados apache, mysql y php, podemos eliminar el indicador automático con una aptitud como esta:
uman@mango:~$ sudo aptitude unmarkauto apache2 mysql-server php5
No packages will be installed, upgraded, or removed.
0 packages upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.
Need to get 0 B of archives. After unpacking 0 B will be used.
Ahora se ve así cuando se elimina el paquete zabbix:
uman@mango:~$ sudo aptitude purge zabbix-server-mysql zabbix-frontend-php
The following packages will be REMOVED:
dbconfig-common{u} fping{u} javascript-common{u} libiksemel3{u} libjs-prototype{u} libjs-scriptaculous{u} libopenipmi0{u} libt1-5{u}
php5-gd{u} wwwconfig-common{u} zabbix-frontend-php{p} zabbix-server-mysql{p}
0 packages upgraded, 0 newly installed, 12 to remove and 0 not upgraded.
Need to get 0 B of archives. After unpacking 16.6 MB will be freed.
Do you want to continue? [Y/n/?]
Por favor, consulte la página del manual de aptitud para obtener más detalles