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Además del enlace que fluteflute menciona, la principal diferencia para el usuario final es que chkdsk solo comprueba los sistemas de archivos compatibles con Windows, Fat32 y NTFS como los principales.
fsck cheques, Fat32, NTFS (Via ntfs-3g), ext2, ext3, ext4, reiser, xfs y un montón de otros. haciendo un man fsckwil te dará los detalles. Pero la cuestión es que fsck realmente usa otro programa para ejecutar la verificación dependiendo del sistema de archivos que se va a verificar, por ejemplo, si el sistema de archivos es ext4, usará fsck.ext4 , si el sistema de archivos es btrfs, entonces usará fsck.btrfs.
Básicamente, chkdsk está limitado y optimizado para ntfs, mientras que fsck no solo está abierto a varios sistemas de archivos, sino que también recibe muchas más optimizaciones y características que la contraparte de Windows en el mismo período de tiempo. Y debido a esto, realiza algunas comprobaciones rápidas y algunas comprobaciones profundas en un sistema de archivos según el sistema de archivos real, el error detectado, las marcas en el sistema de archivos y otros atributos que están activos en el sistema.
Las herramientas que parecen chkdsk cuando el sistema de archivos NTFS está involucrado son varias de las colecciones de herramientas ntfs-3g que en algunos casos superan lo que chkdsk (e incluso scandisk) puede hacer, por ejemplo:
ntfsfix - Forces Windows to check NTFS at boot time
ntfsresize - Resize an NTFS volume
ntfsundelete - Find files that have been deleted and recover them
ntfsdefrag - Defragment files, directories and the MFT
ntfsck - Perform consistency checks on a volume
Esto ofrece nuevas formas de realizar la recuperación, el mantenimiento y la reparación del software. Por ejemplo, en los casos en que surge un problema de que el sistema de Windows no se carga, puede cargar su Ubuntu y solucionar algunos de los problemas con un rápido fsck / ntfs-3g en la partición / disco. O recuperar algo, desfragmentar, etc. Le da una solución adicional a varios problemas.