En realidad, hay 2 tipos diferentes de copiar y pegar: está el que proporciona el sistema de gráficos X11 subyacente y el que proporciona su administrador de ventanas (Gnome, KDE, etc.).
Resaltar el texto sin hacer clic es suficiente para copiarlo en el espacio de búfer X11, y al hacer clic en el medio se pegará. Si usa control-X o control-C, también usará el espacio de búfer del administrador de ventanas (ya que tenía que haberlo resaltado para usar esas teclas), pero solo un control-V sacará el texto de allí: el clic central no lo hará.
Para hacer las cosas más confusas, la función de copiar y pegar del administrador de ventanas también funcionará con elementos que no sean de texto, por lo que incluso si su resaltado hubiera incluido texto en ambos búferes, es posible que tenga algunos archivos o datos complejos en el búfer del administrador de ventanas y los dos estarán fuera de sincronización.
Algunas aplicaciones son lo suficientemente inteligentes como para comprender y usar ambas, otras no. Las ventanas de terminal suelen ser estúpidas cuando se trata de copiar y pegar. Por lo general, hay configuraciones para cada aplicación que les indican cómo solucionar el problema de copiar y pegar, pero configurarlas correctamente es mucho trabajo. Ubuntu obtiene la mayoría de ellos por defecto, creo.
Históricamente, la situación era mucho peor, y condujo a que el freedesktop definiera los estándares a su alrededor:
http://standards.freedesktop.org/clipboards-spec/clipboards-latest.txt