Este es un error reportado en cómo las aplicaciones SWT (como Eclipse y Lotus Notes) manejan el menú de la aplicación.
Como solución alternativa, cree este script:
#!/bin/bash
export UBUNTU_MENUPROXY=0
_path_to_downloaded_eclipse_/eclipse
Si instaló eclipse con el Centro de software, úselo which eclipse
para determinar la ruta.
Haga que el archivo sea ejecutable e intente ejecutarlo. Puede usar el "Menú principal" (buscar en el Tablero) para crear un iniciador para que aparezca en el Tablero.
Eso debería mover los menús de la barra superior de Unity a la ventana del eclipse. Una vez que se solucione el error, podrá ejecutar eclipse normalmente.
Otra pregunta tiene una descripción mucho más completa de la desactivación del menú de aplicaciones para cualquier aplicación .