Esto se puede resolver cambiando el color de fondo en Ubuntu. Intenté cambiar el color de fondo en Eclipse pero no parece funcionar. Para cambiar el color de fondo en Ubuntu, vaya a
Sistema> Preferencias> Apariencia
Aparece el panel "Preferencias de apariencia", haga clic en "Personalizar ...".
Aparece "Personalizar tema", vaya a "Colores" y seleccione un color más claro para el fondo de "Información sobre herramientas", un color más oscuro para el texto de "Información sobre herramientas".
Inicie o reinicie Eclipse, verá los colores más claros que seleccionó cuando aparezca la asistencia de código.
Esta solución se copia de: http://tipstank.com/2010/05/23/solve-eclipse-black-pop-up-code-assist-box-in-ubuntu-10-4-lucid/