Tengo skype versión 4 está configurado como uno de mis programas de inicio. Cada vez que se inicia Skype, aparece en su modo de ventana completa. Preferiblemente me gustaría que comenzara solo como un icono en la bandeja del sistema.
En Configuración - General marque la casilla que dice "Iniciar Skype minimizado en la bandeja del sistema". Eso debería hacer que se abra minimizado. (Lo hace en el gnomo 3 al menos)