@tomwrong, en mi opinión, no tiene que sincronizar IPod con Rhythmbox. Esto es lo mismo que la Sincronización manual, donde sincroniza solo si lo desea.
No sé si puede arrastrar y soltar a iPod sin vincularlo a algún software. Mi conocimiento dicta que ITunes estaba destinado a hacer el papel y desde entonces otros jugadores han ofrecido una ruta más fácil y mejor para hacer lo mismo.
Creo que RB, banshee y otros jugadores solo reconocen el iPod y no participan en la implantación de ninguna huella en el reproductor de iPod.
En Control manual en RhythmBox, básicamente está arrastrando y soltando. Puede que esta no sea la respuesta exacta, pero si no es así, ayudará a otras personas que vienen a buscar información.
Salud.