Respuestas:
Las aplicaciones que están en el menú de mensajería tienen un archivo en el directorio del sistema de:
/usr/share/indicators/messages/applications/
Ese directorio contiene archivos que tienen las rutas a los archivos de escritorio para esas aplicaciones. También puede tener uno de estos en su directorio de inicio con esta ruta:
~/.config/indicators/messages/applications/
Entonces, digamos que quiero agregar Thunderbird a mi menú de mensajes. Haría algo como esto:
$ mkdir -p ~/.config/indicators/messages/applications/
$ echo /usr/share/applications/thunderbird.desktop > ~/.config/indicators/messages/applications/thunderbird
Deberá reiniciar su sesión (cerrar sesión y volver a iniciarla) la primera vez que cree el directorio de aplicaciones.
Aquí hay un ejemplo de uso de una aplicación python.
La documentación y el código de ejemplo para hacerlo se pueden encontrar aquí en el Portal del desarrollador .
Nota del editor: la página ya no existe, por lo que he reemplazado el enlace muerto con una instantánea del archivo de junio de 2013. Otros enlaces en la página vinculada pueden estar rotos y la información no está actualizada.
killall gnome-panel
funcionará, no necesita cerrar sesión.