Yo personalmente no tuve un problema. Cambié el tamaño de mis discos usando gparted, ntfs y fat32 y ext4. Aproximadamente 8-10 veces hasta ahora. Debería ser seguro, de lo contrario vería problemas como "gparted rompió mi disco" en toda la web.
A mi modo de ver, no estaría en la distribución de ubuntu si no estuviera haciendo su trabajo al 99%. Es un programa bien establecido con un buen programador, bien mantenido y apoyado regularmente (al cerrar / corregir errores). :)
Por supuesto, si tiene miedo de perder sus datos, siempre puede comprar o pedirle a alguien que le preste un disco duro, usb o sata, para que primero pueda hacer una copia de seguridad de sus datos importantes.
Como se menciona en los comentarios, use un livecd con gparted (por ejemplo, ubuntu 12.04 livecd), deje que haga su trabajo y no interfiera. Además, no haga muchos pasos como trabajo por lotes (no ponga muchas cosas para hacer en la cola dividida). Hazlos uno por uno y presiona aplicar.
Solo hay una situación de riesgo, si el poder se cae, según el comentario de Anwar:
No hay nada como 99.99% de garantía. La falla repentina de energía también puede causar una gran placa de metal, sin usos. También tenga en cuenta que: Según mi conocimiento, todas las herramientas de partición son peligrosas. Siempre advierten a sus usuarios sobre eso