Sé que es una antigua Q, pero sigue siendo relevante, además de que Google me trajo aquí (vendrán otros).
La respuesta aceptada es parcialmente correcta, por defecto no puede establecer permisos ejecutables dentro de una partición NTFS o FAT (al menos para Ubuntu y hasta la fecha).
Pero puede cambiar eso cambiando la forma en que se monta su partición NTFS. Es decir, (elegir y) configurar el controlador ntfs que monta sus particiones.
NTFS admite todos los permisos que necesita *, pero el controlador debe saber cómo manejarlos para que no interfiera con otros sistemas operativos.
No es ciencia espacial, ¡pero te obligará a comprender cosas que quizás no te importen!
Vea esta respuesta (extremadamente concisa) a una pregunta relacionada:
/ubuntu//a/74851/239919
* Admite propiedad y lectura / escritura / ejecución, para usuarios y grupos, no sé acerca de setuid o stickybit.