Respuestas:
No puedes
Lo que puede hacer es iniciar una nueva sesión X en un tty (pantalla) diferente que debería dejar intactas las aplicaciones que se ejecutan en la primera sesión. (Así es como algunos administradores de pantalla [por ejemplo, KDM] permiten múltiples inicios de sesión de diferentes usuarios que usan la misma pantalla / teclado físico).
Las aplicaciones iniciadas en X se eliminarán si reinicia X. No puede evitar eso.