Problema con un secuenciador de ADN

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Recientemente obtuve el secuenciador del genoma USB (DNA) de MinION, que para mi decepción no parece funcionar correctamente en Ubuntu.

Estoy usando la versión 12.04 de Ubuntu. El secuenciador es detectado correctamente por el script / controlador que viene con él, pero parece ser incapaz de detectar la muestra.

Adjunto la captura de pantalla del proceso. Cualquier ayuda sería muy apreciada!

ingrese la descripción de la imagen aquí

drivers usb

— Richard Rodriguez
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Intente ejecutar el programa de recolección de script / muestra como root congksu

— nanofarad

¿El dispositivo arroja algunos mensajes útiles en / var / log / syslog o algo así?

— Christian

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Al ver que el script detecta correctamente el dispositivo, parece más probable que su problema esté en el lado del secuenciador de genes, en lugar de ser un problema de Ubuntu. ¿Existen otras utilidades que le permitirán comunicarse con su secuenciador para otras funciones, tal vez una rutina de calibración? Si Ubuntu puede comunicarse con la máquina y hacer que haga otras cosas, esperaría que el problema sea con el secuenciador de genes en lugar de con la computadora. Otra posible prueba es intentar usar otro sistema operativo, si hay software disponible. Finalmente, asegúrese de que el secuenciador tenga el firmware más reciente y que el software que está utilizando para conectarse esté actualizado.

— Danbsmith
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Hay otra cosa sobre la que voy a especular, es decir, ejecutarlo desde shell podría no dar el máximo provecho de la prioridad. Este es el secuenciador de nanoporos de Oxford que necesita autenticación completa antes de que se pueda permitir uno en su grilla. No tiene suficiente información para ejecutar y acceder a la muestra, eso es lo que creo.

— all4naija

Este es un secuenciador de ADN autónomo. Es muy probable que su interfaz sea un adaptador de puerto serie USB normal con el que está hablando el script proporcionado, que parece estar funcionando correctamente. Estoy de acuerdo en que el problema probablemente esté en el final del secuenciador y no en la interfaz con la computadora. GridION no es una plataforma de "computación en la nube", es una matriz paralela de secuenciadores de genes para trabajos más grandes.

— Adrian

Para más información: nanoporetech.com/technology/the-gridion-system/…

— all4naija

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Una suposición descabellada: ¿podría ser un problema de permisos? Algunos dispositivos funcionan bien para algunas operaciones cuando se ejecutan como usuarios normales, pero requieren rootprivilegios para realizar otras operaciones. Por lo tanto, puede intentar sudo ./gseqver si eso ayuda. Si eso ayuda pero no desea ejecutarlo roottodo el tiempo, puede rastrear los archivos del dispositivo y cambiar sus permisos para tener acceso al dispositivo utilizando su cuenta normal. Esto probablemente implicaría crear reglas udev. No voy a entrar en eso aquí ya que esta solución es un poco remota.

— Rod Smith
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¿Es posible que se haya excedido la vida útil de 6 horas del dispositivo? Parece probable que sea más un error del dispositivo o un problema de proceso. El soporte técnico de MinION posiblemente debería ser su contacto principal para resolver este problema, ya que parece que el programa se está comunicando con el dispositivo.

Chris

— fabricante4
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