No importa en los sistemas basados en Linux si usa una extensión .txt o no. De hecho, no hay una "extensión de archivo" especial como en Windows, es solo parte del nombre. Los tipos MIME se utilizan para determinar el tipo de archivo.
Sin embargo, si desea compartir un archivo con personas que todavía usan Windows, tendrán que elegir manualmente abrir los archivos de texto con el bloc de notas a menos que use una extensión .txt.
Hay otras consideraciones de compatibilidad. Por defecto, el Bloc de notas no mostrará nuevas líneas correctamente porque usa una línea diferente que termina en Linux y otros sistemas similares a Unix. El editor de texto mostrará los archivos de texto en el formato de Windows correctamente, pero es posible que deba presionar backspacedos veces para eliminar una nueva línea.
Usando un editor de texto llamado Geany puede convertir entre tipos de final de línea a través del Document -> Set Line Endings
menú. Esto también puede ser posible en el editor de texto predeterminado (Gedit) pero no sé cómo hacerlo.
Personalmente, no usaría la extensión .txt o los finales de línea de Windows para el uso diario, pero convertiría los archivos cuando fuera necesario para compartirlos con los usuarios de Windows.