Esta pregunta es un poco antigua, pero Unity sigue teniendo el mismo problema. La solución está oculta en los complementos de Compiz:
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager compiz-plugins
Inicie ccsm
(el Administrador de configuración de configuración de Compiz) y busque
- Escritorio ► Ubuntu Unity Plugin ► Switcher (pestaña)
Deshabilite las combinaciones de teclas para las ventanas siguiente y anterior Alt+ Taby Shift+ Alt+ Tab, editando la tecla y eliminando su contenido.
A continuación, elija un conmutador de aplicación diferente. El mejor para este propósito parece ser el "Conmutador de aplicaciones estáticas". Puede encontrarlo retrocediendo y realizando una búsqueda (con el Filtro).
Habilite sus combinaciones de teclas para las ventanas siguiente y anterior haciendo clic en Desactivado. Luego se le preguntará y podrá ingresar Alt+ Taby Shift+ Alt+ Tab.
Cierra sscm
y ahora tienes un icono para cada ventana abierta en el conmutador de aplicaciones, ya no hay agrupaciones molestas.