La única gran diferencia entre instalar cosas desde el Centro de software u otra interfaz gráfica de usuario y hacerlo desde la línea de comandos es cuando las cosas salen mal.
En la mayoría de las guis, los mensajes de error de instalación están ocultos y solo le dan un mensaje general de que no funcionó. Cuando lo haces desde la línea de comandos, ves todos los mensajes que se generan. A menudo, esta información se puede utilizar para solucionar el problema o le dirá por qué probablemente no quiera solucionarlo. Por ejemplo, la instalación del paquete interrumpiría o desinstalaría otros paquetes que ya están instalados.
A veces, un paquete no se instala solo porque una de sus dependencias no está instalada (y la instalación normal no soluciona eso automáticamente como la mayoría). Cuando esto sucede, a menudo puede instalar primero el paquete que falta y luego su instalación tendrá éxito.
Además, apt-get le informará sobre otros paquetes asociados que son "recomendados" junto con su paquete, para que pueda buscarlos y ver si desea alguno de ellos.
También informa sobre los paquetes que se instalaron anteriormente que probablemente ya no sean necesarios y le indica cómo eliminarlos.
No debe agregar / eliminar paquetes de ninguno de estos dos últimos pasos sin revisar cuidadosamente los paquetes involucrados, pero generalmente es seguro.
En Ubuntu 12.04, las aplicaciones recién instaladas se agregan al iniciador de forma predeterminada, pero esto solo sucede para las aplicaciones instaladas utilizando el Centro de software.