Tomado de aquí :
Usted debe nunca se uso normal sudopara iniciar aplicaciones gráficas como root. Debe usar gksudo( kdesudoen Kubuntu) para ejecutar dichos programas.
gksudoestablece HOME=/rooty copia .Xauthorityen un tmpdirectorio. Esto evita que los archivos en su directorio de inicio sean propiedad de root.
Tenga en cuenta que esto se trata principalmente de archivos de configuración . Si ejecuta Nautilus como root, incluso con gksu/ gksudo, y crea un archivo o carpeta en cualquier lugar (incluido en su directorio de inicio), ese archivo o carpeta será propiedad de root. Pero si ejecuta Nautilus (o la mayoría de las otras aplicaciones gráficas) como rootcon sudo, pueden guardar sus archivos de configuración en su directorio de inicio (en lugar del rootdirectorio de inicio). Esos archivos de configuración pueden ser de propiedad roote inaccesibles cuando no se está ejecutando como root, lo que puede dañar gravemente su configuración e incluso puede impedir que algunas aplicaciones funcionen por completo.
La solución, una vez que haya cometido este error, es encontrar los archivos de configuración y eliminarlos o chownvolver a pertenecer a su no rootusuario. Muchos de estos archivos comienzan con a .o están contenidos en un directorio que comienza con a .. Algunos se encuentran dentro de la .configcarpeta en su directorio de inicio. Para ver los archivos y carpetas que comienzan con a .en Nautilus, presione Ctrl+ H(esto muestra archivos ocultos ). Para verlos con ls, use el indicador -a(o -A).
Para saber si hay archivos que no son de su propiedad en su directorio de inicio, puede usar el siguiente comando en una terminal:
find $HOME -not -user $USER -exec ls -lad {} \;
que enumerará todos los archivos en el directorio de inicio que no sea propiedad del usuario.